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一、严格防止药害。杀菌剂药害的产生有多种原因，一般水溶性较强的药剂容易发生药害。另外，不同作物对药剂的敏感性不同。同时，作物在不同生长发育阶段对药剂的反应也不同，一般幼苗和孕穗开花阶段容易产生药害。
二、谨慎药物混用。不少杀菌剂为碱性农药，故不能与遇碱性物质易分解失效的杀虫剂混用。当然，也不是所有的杀菌剂都不能与其他农药混用，有少数杀菌剂与农药混合后还能起到增效的作用。
三、选准喷施时间。喷药时间过早不仅造成浪费，而且会降低防治效果；喷药时间过迟，则因大量病原体已经侵入寄主或造成危害而事倍功半。因此，施用杀菌剂时应根据作物不同病害的发生规律、预测预报以及具体发生情况及时用药。
四、掌握用药次数。杀菌剂的喷药次数主要是根据药剂残效期的长短和气象条件来确定。一般每隔10～15天喷一次，共喷2～3次。遇特殊情况，如施药后遇雨，应及时补喷一次。
五、规避抗药性。长期施用单一的杀菌剂（主要是内吸杀菌剂），会导致病原体产生抗药性，即使多次重复用药也无济于事。
