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在植物组织培养过程中，污染是不可避免的，但可以把污染控制在最低限度内。污染通常是由于环境不洁、培养基和培养材料消毒不彻底、操作过程不慎、操作人员或工具带菌而引起。组培污染既影响了繁殖速度，又增加了生产成本，严重时可造成培养材料的丢失，给组培繁殖带来较大的损失。
污染的病原有细菌和真菌两大类。夏季温度高、湿度大，各种病原菌繁殖速度快，是组培污染的高发期，如果控制不好，导致污染严重，会造成较大的经济损失，甚至会前功尽弃。因此，在夏季防止和降低污染是组培工作者的重要工作之一，应予以足够重视。根据多年实践工作的积累，下面讨论降低污染的五项有效措施。
1. 保持干净整洁的环境是减少污染的基本要求.
组培室是一个微环境，保持这个微环境的干净、整洁，能有效的防止污染。具体要做到：每周对整个组培室进行一次彻底的大扫除；接种室和培养室要求密闭、干燥，保持与外界环境相对隔绝的状态，尽量减少与外界的空气对流及微生物与尘埃的侵入。控制好光、温、湿、气等各种生态因子，夏季高温、高湿时，要即时降温和排湿；定期用消毒液对接种室和培养室内的设备、墙壁及地面进行擦洗；经常用 70%的酒精对接种室和培养室进行喷雾降尘；定期用紫外灯对接种室和培养室进行空气消毒，每次开启 30-50 分钟；定期检查超净工作台上的风速和清洗过滤器。
2. 洁净的培养容器和培养基的彻底灭菌是减少污染的必然要求.
培养瓶、试管等容器和封口用的盖子、耐高温的塑料膜等物品在用前要经过彻底清洗、晾干。配制好的培养基分装后应立即高压蒸汽灭菌，即在1.1kg/cm2 的压力，锅内温度达到 121℃，持续保持 20-30 分钟。经灭菌后的培养基，放置 2-3 天，若培养基表面和内部无任何细菌痕迹，确实证明已彻底灭菌，方可使用。
3. 严格规范且熟练的无菌操作过程是减少污染的关键.
在无菌操作过程中，工作人员严格按照无菌操作的要求，规范熟练地完成好每一个步骤，能有效地减少由操作引起的污染。具体要做到：
（1）接种前，工作人员的双手必须用肥皂水洗净，进入接种室后换上工作服、戴上口罩，用 70%的酒精擦拭消毒双手；
（2）用 70%的酒精擦拭超净工作台，接种工具（如剪刀、手术刀、镊子等）使用前要在 70%酒精中浸泡，再在火焰上灼烧，冷却后使用；
（3）在超净工作台上正确摆放接种用具、培养材料和培养基，台面上的东西不能堆放太多，以免影响气流；
（4）接种过程中应避免他人来回走动，操作人员禁止谈话，并尽量避免操作人员头部伸入超净工作台的工作区内；
（5）培养瓶的开启、接种材料的切割、分装、封口等步骤要规范熟练，避免交叉污染；
（6）每切割、转接完一瓶母种材料后，要及时更换无菌纸，重新更换所用的接种工具，最好备两套交替使用。
4. 培养材料（外植体和基础母瓶）的严格筛选和彻底的表面消毒是减少污染的基础工作.
选择适宜的外植体材料常常是组培工作成败的关键，通常选取生长健壮、无病斑的植株上的处于生长活跃状态的幼嫩茎尖，尤以刚刚萌发的幼芽比较理想，可以大大减少材料的污染。夏季避免阴雨天在户外采取外植体，因为阴雨天带菌较多，在晴天采材料时，下午采取的外植体要比早晨采的污染少，因为材料经过日晒后可杀死部分细菌或真菌。采集回来的外植体经自来水清洗后，在超净工作台上对其进行彻底的表面消毒，在消毒过程中应当正确选择消毒剂的浓度和处理时间，做到既消毒彻底，又尽量减少由消毒剂引起的组织的死亡。基础母瓶扩繁过程中，母瓶的选择也至关重要，带菌的母瓶不能再用作母种，避免污染的扩大，接种前，还应用 70%酒精擦拭母瓶表面，以免开启母瓶时，灰尘落入瓶中造成污染。
5. 污染物的正确处理是防止污染传播蔓延的有效途径.
组织培养中污染是经常发生的，一旦发现培养物污染，应对其进行及时处理，否则会导致培养室环境污染，造成污染的蔓延和相互传染。首先立即把污染物从培养室转移出去，然后对其进行高压消毒灭菌，再在离组培室较远的地方清除灭过菌的污染的培养物，最后彻底清洗培养瓶，晾干后待用。
